Hlutverk Tollstjóra er að annast álagningu og innheimtu tolla, skatta og annarra gjalda sem greiða ber við tollafgreiðslu samkvæmt lögum.
Þá annast Tollstjóri eftirlit með inn- og útflutningi á vörum og flutningi á ótollafgreiddum vörum innan lands og fylgist jafnframt með ferðum og flutningi fólks og farartækja til og frá landinu.